藍(lán)景科信DAP-seq（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)服務(wù)

DAP-seq實(shí)驗(yàn)原理是基于DNA親和純化，通過體外表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢(shì)，自該技術(shù)問世以來，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學(xué)的研究。能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。

DAP-seq實(shí)驗(yàn)原理

在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱點(diǎn)。傳統(tǒng)的ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序）方法，在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測(cè)到TFBS。然而，好的抗體可遇不可求，這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。

DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn)，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。

DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過體外蛋白表達(dá)技術(shù)，表達(dá)出帶有標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子，和基因組DNA文庫在體外進(jìn)行結(jié)合，然后分離出所有與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA，再使用高通量測(cè)序，找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。

藍(lán)景科信為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析，具有100多個(gè)物種，1000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)。歡迎咨詢。

客戶發(fā)表文章：

2023年2月9日，浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院的最新研究成果，發(fā)表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949)，文章題目為“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了比克氏棉子葉GoPGF的結(jié)合基序和下游靶基因。并進(jìn)一步揭示了比克氏棉色素腺形態(tài)建成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為培育具有特定性狀的栽培棉花新品種提供了寶貴的基因資源。  

   2023年1月31日，西北農(nóng)林科技大學(xué)園藝學(xué)院蘋果重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的最新研究成果，發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了蘋果MdERF114的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了MdERF114正向調(diào)控蘋果根系抵御腐皮鐮刀菌侵染的分子機(jī)制，為培育抗ADR的砧木提供了寶貴的基因資源。

     2023年01月03日，中南林業(yè)科技大學(xué)的最新研究成果，發(fā)表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548)，文章題目為“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了藥用真菌靈芝中bHLH-zip轉(zhuǎn)錄因子SREBP的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了SREBP調(diào)控靈芝中三萜類化合物和脂質(zhì)代謝的分子機(jī)制，為提高靈芝物種的GA產(chǎn)量提供了寶貴的基因資源。

     2022年12月21日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所的研究成果發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了陸地棉中BR信號(hào)通路核心轉(zhuǎn)錄因子GhBES1.4的結(jié)合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介導(dǎo)的BR調(diào)控棉纖維伸長(zhǎng)的網(wǎng)絡(luò)，為培育陸地棉優(yōu)質(zhì)纖維新品種提供了寶貴的基因資源。

       2022年10月，浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院宋鳳鳴課題組的最新研究成果，發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）上，文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了水稻中轉(zhuǎn)錄因子ONAC083的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了OsNAC083通過結(jié)合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉(zhuǎn)錄，進(jìn)而負(fù)調(diào)控水稻對(duì)稻瘟病的抗性。

     2022年9月，中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶生物技術(shù)研究所功能基因研究組在Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）在線發(fā)表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)” 的研究論文，證實(shí)了CC類谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控過氧化氫酶的活性、影響過氧化氫在葉片表皮不同類型細(xì)胞中的分布，從而調(diào)控木薯對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)。

        2022年8月，廣西大學(xué)農(nóng)學(xué)院甘蔗生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張木清/姚偉研究團(tuán)隊(duì)在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling”的研究論文，該研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)甘蔗新的AP2家族轉(zhuǎn)錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調(diào)節(jié)JA與GA合成，平衡植物生長(zhǎng)與防御。

     2022年8月，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國(guó)水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice”的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調(diào)控OsAPX1的表達(dá)，促進(jìn)褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機(jī)制。

       2022年8月，揚(yáng)州大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院、植物功能基因組學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid”的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過協(xié)調(diào)紅光和脫落酸（ABA）信號(hào)調(diào)節(jié)氣孔開度的分子機(jī)制。

       2022年7月，北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、齊魯師范大學(xué)玉米分子育種研究院的共同研究成果，在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles”。本文主要研究?jī)?nèi)容是鑒定了玉米花青素合成相關(guān)等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個(gè)ZmR1等位基因的生物學(xué)功能和分子調(diào)控機(jī)制。

       2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance”的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調(diào)控水稻適應(yīng)鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機(jī)制。其中，該研究使用了DNA親和純化測(cè)序技術(shù)（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調(diào)控的下游靶基因。

       2021年4月29日，重慶文理學(xué)院園林與生命科學(xué)學(xué)院陳澤雄教授的研究成果，發(fā)表在植物科學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)期刊Plant Science（IF=5.363）上，文章題目為“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides”。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了金銀花R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子LmMYB15的DNA結(jié)合基序及其靶基因。進(jìn)一步研究揭示了LmMYB15調(diào)控金銀花CGA生物合成和苯丙素代謝的分子機(jī)制，該研究成果為利用基因工程策略開發(fā)富含CGA的金銀花新品種提供了寶貴的基因資源。

       2020年4月，北京工商大學(xué)與藍(lán)景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling”的文章，為揭示PIFs轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控ABA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制提供了重要線索。

       2019年9月，北京林業(yè)大學(xué)和藍(lán)景科信合作，在植物學(xué)主流學(xué)術(shù)期刊Journal of Experimental Botany（IF=5.36）上，發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance”的研究成果。該研究借助DNA親和純化測(cè)序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術(shù)，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機(jī)制。

相關(guān)服務(wù)：

1、 凝膠阻滯實(shí)驗(yàn)（EMSA）：DAP-seq后續(xù)驗(yàn)證服務(wù)。

2、 酵母單雜交：DAP-seq后續(xù)驗(yàn)證服務(wù)

3、 ChIP-seq：高效檢測(cè)重組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位點(diǎn)

4、 DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析： 分析轉(zhuǎn)錄因子的靶基因在RNA-seq數(shù)據(jù)中的表達(dá)變化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq測(cè)序數(shù)據(jù)，增加轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分析深度。

5、 DNA-pull down：鑒定與DNA結(jié)合的蛋白。

7、Halo Pull Down：檢測(cè)已知蛋白質(zhì)之間的相互作用，鑒定與已知蛋白相互作用的未知蛋白。

6、被子植物353個(gè)單拷貝核基因靶向捕獲測(cè)序服務(wù)：為研究被子植物的系統(tǒng)進(jìn)化和分類、植物適應(yīng)性機(jī)制、種群進(jìn)化歷史、種群的結(jié)構(gòu)、基因滲透和漂移提供高效的整體解決方案，且適用多種樣本類型。